Die Freiberger gehen auf die Jura-Pferde zurück, die im Bistum Basel während Jahrhunderten Klerus und Hochadel zu Diensten standen. Seit Mitte des 19. Jahrhunderts staatlich gefördert, nach dem zweiten Weltkrieg durch Einkreuzungen vom ursprünglichen Warmblut zum Kaltblut gewandelt. Die Freiberger sind die letzte erhaltene Schweizer Pferderasse, und der Freiberger ist das letzte leichte Zugpferd in Westeuropa.
Über Jahrhunderte stand das rare Jurapferd im Bistum Basel nur Klerus, Hochbürgertum und Hochadel zu. In der napoleonischen Ära, der Jura gehörte damals zu Frankreich, wurden die Bestände durch Requirierungen der französischen Armee auf ein Minimum reduziert. Danach, unter Berner Ägide, stieg die Nachfrage aus Landwirtschaft, Transportwesen und Armee sprunghaft an, bis ab 1850 die eisernen Pferde der Eisenbahn diesem Boom ein erstes Ende bereiteten. Danach engagierte sich der Bund direkt, man suchte, mit gezielten Importen von Hengsten die Zuchtbasis zu verbessern. 1901 wird das Nationalgestüt in Avenches eröffnet, die Pferdezucht wird weiter professionalisiert. In den folgenden Jahrzehnten spitzt sich ein züchterischer Konflikt zwischen Landwirtschaft und Armee mehr und mehr zu, die Armee verlangt leichtere Pferde mit Temperament, die Landwirtschaft braucht schwere, belastbare Zuchttiere. Gelöst werden soll er durch den Aufbau zweier Zuchtlinien, was aber nur in Ansätzen gelingt. Der zweite Weltkrieg lässt den Bedarf nochmals stark ansteigen, danach ist es mit der Freiberger Herrlichkeit vorbei. Man reagiert durch eine Umzüchtung, um eine Sporthengslinie zu begründen und den Freiberger als Freizeitpferd zu etablieren. Das gelingt, doch der kaltblütige Urfreibergerschlag wird damit binnen von nur zwei Jahrzehnten an den Rand des Aussterbens gedrängt. In den 1990er-Jahren entwickelt sich eine Bewegung, die den Freiberger zu seinen Wurzeln zurückführen will. Sie spaltet sich in einen pragmatischen Flügel, der eine Rückzüchtung des "Original Freiberger Pferdes" durch eine Reduktion des Fremdblutanteil unter zwei Prozent erreichen will, und die Anhänger des "reinrassigen Freiberger Pferdes", die ausschliesslich auf Tiere setzen, die nach 1950 kein "Fremdblut" durch Einkreuzungen mehr erhalten haben. Dieser "Urfreiberger" kommt dem historischen Schlag am nächsten, gilt aber nach wie vor als akut vom Aussterben bedroht.
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